La historia continúa varios años después de las aventuras de Yugi Mutô. En una pequeña isla se creó una escuela donde se forma la futura élite de los duelistas: se llama Duel Academy.
Los estudiantes se dividen en tres filas: el «Obelisco Bleus», que son los mejores estudiantes de la escuela; los «Râ Jaunes», que aprobaron su examen de ingreso brillantemente; los «Osiris Rojos», quienes están constantemente amenazados con ser expulsados de la escuela.
Judai Yuki es una estudiante «roja». Sin embargo, él no es como otros estudiantes de su rango: es muy bueno en duelos. Sin embargo, tiene cierta habilidad para decir en voz alta lo que todos piensan en voz baja, lo que regularmente tiene el efecto de irritar a sus maestros. Pero eso no le importa: su ambición es convertirse en el nuevo «Rey del Duelo» y, por lo tanto, lograr igualar a su modelo Yugi Mutô.
