Este manga se centra en la vida de una niña enérgica y feliz de cinco años, Koiwai Yotsuba, que viene del campo para vivir en la ciudad. Cada uno de sus descubrimientos da lugar a un capítulo que incluye muchos gags y comedias de situación, debido a su inexperiencia en el entorno urbano y su corta edad.
La casa que vive con su padre está al lado de la de la familia Ayase, donde viven otras tres niñas mayores llamadas Ena, Fuuka y Asagi. El primer encuentro dio lugar a una carrera de persecución, la reunión de Yotsuba con Fuuka huyó al haber retenido el «no hablar con los extranjeros» de su padre, mientras que por su parte ya se había presentado a la familia Ayase. Siguiendo los capítulos está la vida cotidiana a veces tumultuosa, a menudo divertida de Yotsuba y su padre en su nuevo hábitat.
Se pueden encontrar varios personajes en capítulos como Takashi Takeda, un amigo del padre de Yotsuba, también llamado Jumbo debido a su impresionante construcción (tiene más de 2 metros de altura), Miura Hayasaka, amiga de Ena y Torako, amiga de Asagi.
