1999: el joven Kamui Shiro y su madre Toru abandonaron Tokio precipitadamente hace seis años, dejando atrás a Fuma y Kotori, amigos de la infancia. A medida que se desarrollan sus poderes sobrenaturales, Kamui ve a su madre quemarse voluntariamente en un incendio: su último deseo es que regrese a Tokio.
Corre, pero hace todo lo posible para evitar a Fuma y Kotori con gran frialdad. No entienden que él trata de evitar los problemas que parecen continuar donde quiera que vaya: Kamui es asaltado regularmente por eventos mágicos hostiles, y personas sospechosas intentan contactarlo. Al ceder ante su insistencia, Kamui comprenderá que él es la clave para la próxima batalla del Apocalipsis, «aquel cuyo destino no está escrito». Los Seis Ángeles y Seis Sellos, Representantes Humanos de las Voluntad de Dios deben enfrentarse entre sí, algunos para exterminar a la Humanidad que corrompe y ataca a la Madre Tierra, los otros para protegerla de la venganza de la Naturaleza.
Kamui debe convertirse en el séptimo miembro de uno de los dos campos y asegurarle su victoria; Sin embargo, no tiene nada que ver con el Fin del Mundo y sus intereses, especialmente preocupado por el futuro de Fuma y Kotori. La situación parece congelada, pero las profecías hechas sobre la naturaleza de Kamui son incompletas: el Destino se encarnará en eventos más allá de todas las predicciones, y obligará a elegir los más dolorosos …