La historia tiene lugar a principios del siglo 23. En el borde del sistema solar, se desata una terrible batalla entre el Imperio de Galman y las fuerzas del planeta Berth. La poderosa flota de Galman decide cortar la batalla con misiles gigantes destructivos, pero uno de estos misiles no alcanza su objetivo y se estrella contra el sol, convirtiéndolo en una bomba de radiación. Estallará en un año, envolviendo el sistema solar en su conjunto.
La tripulación de Yamato tiene la tarea de encontrar un nuevo planeta habitable para salvar a la humanidad. Kodai, ahora un capitán, además de esta pesada tarea, tiene que lidiar con los nuevos reclutas que están haciendo su primera misión.
