Ha pasado un año desde que Yamato regresó a la Tierra y descontaminó el planeta. La vida ha vuelto a la normalidad. Los hombres abandonaron las ciudades subterráneas, reconstruyeron las ciudades y una vez más comenzaron a conquistar el sistema solar. Sin embargo, un nuevo enemigo amenaza a la humanidad: el Imperio del Cometa Blanco extiende su control sobre el universo, esclavizando o destruyendo a todos los planetas en su camino y la Tierra es su próximo objetivo. El Dessler maquiavélico confía en su alianza con el Emperador Zordar para vengarse del Yamato.
