La historia tiene lugar en 2977. El capitán Harlock fue condenado a muerte después de rebelarse contra la Coalición de Gaia.
Desde entonces, ha escapado a todos aquellos que intentan eliminarlo, navegando por el espacio a bordo de su nave: la Arcadia.
Para eliminarlo permanentemente, la Coalición de Gaia elige al joven Yama para infiltrarse en la Arcadia y eliminar al temible pirata.
