En el año 3 de la era Bunkyū (1863 dC), un año antes de los eventos de Hakuōki Shinsengumi Kitan (Temporada 1), el Shinsengumi llamado Rōshigumi llegó a Kyoto.
Serizawa Kanto, capitán de la tropa de Mito, salva la vida de Ibiki Ryunosuke, un joven hijo de un samurai que fue atacado por Ronins y dado por muerto.
Una vez curado, decide irse sin agradecer a nadie.
Para pagar su deuda, Ryunosuke se convertirá en el sirviente de Kanto, su salvador.
Ryunosuke se encontrará con nuestros héroes cuando y …