La temporada 2 sigue la temporada 1.
Chizuru siempre viaja junto a Shinsengumi, buscando a su padre.
Después de la batalla de Toba-Fushimi y la huida del Shogun, el Shinsengumi decide huir a Edo. Pero una vez allí, la guerra se reanudará entre las tropas de Shogunate y Sasho.
Sin embargo, la era de las espadas y las espadas ha terminado. El Shinsengumi tendrá que adaptarse a esta nueva era donde el uso de armas de fuego está cada vez más extendido.